南通市婦幼保健院始建于1983年，前身是南通市婦產(chǎn)科醫(yī)院，1999年與南通市婦幼保健所合署辦公，2002年更名為南通市婦幼保健院，目前醫(yī)院是南通市唯一一家三級(jí)甲等婦幼保健院。2015年，醫(yī)院增掛南通市兒童醫(yī)院牌子。2020年，作為市政府為民辦實(shí)事項(xiàng)目，兒童綜合大樓開工建設(shè)，并于2024年4月正式投入使用。

醫(yī)院坐落于南通市新城區(qū)，毗鄰南通市行政中心。醫(yī)院占地面積68786平方米，總建筑面積125933平方米，總編制床位1090張，一期編制床位600張，二期兒童醫(yī)院編制床位490張。醫(yī)院設(shè)有27個(gè)臨床保健醫(yī)技一級(jí)科室及20個(gè)住院病區(qū)。醫(yī)院現(xiàn)擁有國(guó)家級(jí)首批特色建設(shè)單位2個(gè)（婚前保健、孕前保健），江蘇省第三周期婦幼保健重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)、江蘇省省級(jí)臨床重點(diǎn)?？平ㄔO(shè)單位1個(gè)、市級(jí)臨床重點(diǎn)?？?6個(gè)、“十四五”市臨床醫(yī)學(xué)中心（創(chuàng)新平臺(tái)）1個(gè)、市級(jí)重點(diǎn)學(xué)科2個(gè)、市級(jí)重點(diǎn)學(xué)科（建設(shè)單位）2個(gè)。醫(yī)院為國(guó)家級(jí)首批嬰幼兒照護(hù)中心規(guī)范基地、國(guó)家級(jí)婦產(chǎn)介入標(biāo)準(zhǔn)化培訓(xùn)基地、江蘇省新生兒疾病篩查南通分中心、江蘇省產(chǎn)前診斷篩查南通分中心、江蘇省首批產(chǎn)后康復(fù)培訓(xùn)基地、江蘇省首批兒童早期發(fā)展基地、江蘇省首批新生兒保健特色?？平ㄔO(shè)單位、江蘇省新生兒危急重癥救治中心、南通市孕產(chǎn)婦危急重癥救治中心、南通市母嬰?？谱o(hù)士培訓(xùn)基地、南通市助產(chǎn)?？谱o(hù)士培訓(xùn)基地、南通市兒童危重癥?？谱o(hù)士培訓(xùn)基地。